viernes, 22 de abril de 2011

Inconformismo en los Andes


Todo libro funciona como extensión de la memoria y de la imaginación. Todos son herramientas para tratar con la realidad. Los libros de historia son también herramientas de memoria e imaginación. Buscando un inca es una herramienta para estudiar a nuestro país, una herramienta para cuestionar nuestra historia y las bases de la marginación de la población andina. Buscando un inca es una herramienta para recordar las tradiciones andinas e imaginar una sociedad ideal. 
La noción de una sociedad ideal está organizada para garantizar la felicidad de sus miembros. Tal sociedad ha sido una búsqueda constante en la reflexión humana. Las características de esta sociedad ideal han variado ampliamente, formando un amplio conjunto de posibles mundos ideales. La noción de la utopía propiamente dicha empieza con el trabajo de Moro de 1516. Sin embargo, antes que Moro acuñara el término los lugares utópicos fueron denominados, Paraíso, Jardín del Edén, Nueva Jerusalem, Tierra Prometida, reino del Preste Juan, Islas de San Brandan, Ciudad de Dios, Ciudad de las Damas, Tierra de Cucaña. Estos países se encontraban en los límites distantes del más allá, la leyenda, el mito, y estaban habitados por hombres justos, bendecidos y excepcionalmente virtuosos. Estas ideas de utopía en Occidente siempre se han mostrado relacionadas al inconformismo religioso.
Según Flores la resistencia de los hombres andinos no terminó con la ejecución de Túpac Amaru, el último inca de Vilcabamba. En Cusco durante los siglos XVII y XVIII ocurrió una reivindicación y glorificación del pasado incaico. Durante este mismo siglo XVIII ocurrieron más de un centenar de levantamientos previos a la rebelión de Túpac Amaru. Estos fueron principalmente levantamientos rurales contra el régimen colonial y han sido interpretados como una toma de conciencia nacional india. Esta conciencia nacional india andina era diferente de la conciencia nacional criolla que daría origen a la Independencia de 1821. Flores afirmó que las divisiones étnicas que existían previamente a la llegada de los españoles y que hicieron posible la Conquista fueron disolviéndose durante el Virreinato. Así la fragmentación regional fue dejando su lugar a un sentimiento de solidaridad entre los pueblos andinos, que empezaron a idealizar el pasado incaico en oposición a la opresión en que vivían bajo el dominio hispánico. Sin embargo, las poblaciones andinas no llegaron a identificarse completamente, ya que el régimen colonial mismo buscó mantener las divisiones para perpetuar su control. Pero la definición general que hacían los españoles de los hombres andinos, la definición común de indios, fue creando las bases de una unidad andina. Los hombres andinos empezaron a soñar con el regreso de un Inca que los liberase del yugo español.
Esta añoranza del Tahuantinsuyo produjo relatos y mitos relacionados al regreso del Inca. Produjo la aparición de profetas de esta nueva mitología mesiánica, de personas que se proclamaron incas y restauradores. No existe una historia precisa sobre como se desarrolló el mito de Inkarrí. La utopía andina se alimentó del milenarismo y del mesianismo traído por los mismos españoles y produjo el mito de Inkarrí y el pachacuti. Se relataba que Inkarrí fue martirizado y muerto por los españoles, decapitado. Los españoles enterraron su cabeza en Cusco, pero el Inca seguía vivió y su cuerpo volvería a crecer desde su cabeza. Cuando el Inca hubiese regenerado su cuerpo volvería al mundo para acabar con los españoles.
La nobleza indígena asumió la reivindicación y glorificación del pasado incaico, a pesar que había tomado parte en el pacto colonial. Luego de la desaparición de las elites andinas, otros grupos reclamaron cambios en la situación de los habitantes del país a partir del mismo imaginario: el regreso del inca. 

La heresilogía
Flores empleó la utopía andina como una concepción del mundo en la cual ubicar e interpretar a Garcilaso, Guamán Poma, Túpac Amaru, los indigenistas, Mariátegui, Arguedas. La utopía andina era una herramienta de comprensión, pero condujo a interpretar la historia del Perú de forma apocalíptica. La reiteración por Joaquín de Fiore revelaba una creencia propia de Flores Galindo en el carácter religioso de la práctica política andina y en el carácter dual de la historia peruana. La Europa de la Baja Edad Media que vivía espantada por la muerte y la enfermedad reaparecía en los Andes. Por esta razón Flores escribió Tiempo de plagas. El resaltaba siempre el conflicto que existía entre oprimidos y opresores que ya había desarrollado Mariátegui en Siete ensayos de interpretación de la realidad peruana
La dualidad de la historia y del alma peruanas, en nuestra época, se precisa como un conflicto entre la forma histórica que se elabora en la costa y el sentimiento indígena que sobrevive en la sierra hondamente enraizado en la naturaleza. El Perú actual es una formación costera. La actual peruanidad se ha sedimentado en la tierra baja. Ni el español ni el criollo supieron ni pudieron conquistar los Andes. (p. 183)
La utopía andina fue un proyecto en contra de la realidad establecida por el orden colonial y proseguida por la República criolla. Buscaba responder a la pregunta por sí mismo del hombre andino recurriendo a la memoria del pasado. Buscaba en el pasado el sustento del presente y del futuro del hombre andino. Flores Galindo intentaba repensar el pasado. Se planteó que las prácticas del mundo andino eran una solución a los problemas actuales. En cierto modo, Flores Galindo creía que el vínculo del Perú actual con su pasado prehispánico era riguroso y actual, algo que no podría decir un europeo. El vínculo de un europeo con su pasado difícilmente podía alcanzar ese mundo previo a la cristianización.
La utopía andina también puede ser entendida de forma similar a las herejías medievales, una apuesta por los oprimidos después la invasión europea. La represión de lo andino siempre tuvo un marcado carácter católico. Esta herejía no fue combatida por los españoles como tal. Estos utópicos fueron luchadores antes de la formación de las clases sociales.
Ya sabemos que en España esta llamarada espiritual… contaba, para reavivar su fuerza, con la lucha contra la herejía, contra la Reforma. Allá podía ser todavía, por algún tiempo, vivo y enérgico resplandor. aquí, fácilmente superpuesto el culto católico al sentimiento pagano de los indios, el catolicismo perdió su vigor moral. (p. 160)
Los cristianos medievales entendían por milenio el periodo de mil años de felicidad en el mundo del reino mesiánico surgido con la llegada de Jesucristo. El milenarismo fue la doctrina basada en la creencia en el Milenio y la esperanza de su realización. La posición oficial de la Iglesia Católica fue enunciada por San Agustín, quien afirmó que el Milenio se realizó plenamente en la Iglesia. Sin embargo, en los inicios del cristianismo se aceptó una interpretación del Milenio absolutamente literal. Los cristianos del milenio tenían plena seguridad en que la Parusía era inminente. Hacia el año 1000 apareció el mal de los ardientes, se presentaron hambrunas devastadoras, señales en el cielo, apariciones del demonio, se estableció la unción de los enfermos y el día de los Fieles Difuntos. Los pecados fueron reconocidos como la causa de todas las desgracias y aceptó que sólo el arrepentimiento, la penitencia y la súplica podían salvar a la humanidad.
Flores interpretó el milenarismo medieval como una utopía popular. El milenarismo ofrecía a los pobres una salvación y se convirtió en el sustento de las revueltas y rebeliones campesinas. Flores anotaba que existió también una corriente apocalíptica elitista que optó por el ejercicio de la piedad y la mortificación del cuerpo como un medio de acercarse a lo divino.
También Flores, al igual que Mariátegui, tomó el modelo de las Cruzadas para describir la Conquista de los Andes. Al igual que Huizinga, Flores analizó las ideas, los sueños, las imágenes, las formas con las que se manifestaba la gente de la baja Edad Media para entender el mundo andino. Por ello, Buscando un inca desarrolló un estilo claramente literario y por momentos poético, que en oportunidades se volvía un alegato. Estudió la idealización de un tiempo para desarrollar una historia de mentalidades en los Andes. Esto era relevante si se tiene en cuenta que los españoles que llegaron a América vivían el otoño de la Edad Media. Los mesianismos milenaristas se desarrollaron plenamente en el siglo XII. En esta época el proletariado urbano estaba en crecimiento, sobre todo en Italia, los Países Bajos y partes de Francia. La natalidad europea era alta y la población creció. También creció la brecha que existía entre los ricos y los pobres. Todas estas circunstancias crearon las condiciones  propicias para los movimientos heréticos, como los de Tanquelmo y de Eudes de la Estrella.
La Edad Media europea había sido testigo de diferentes movimientos mesiánicos y milenaristas. Estos movimientos estuvieron ligados tanto a la aspiración de reforma como a los sentimientos sociales de frustración exacerbados por la miseria.
En las rebeliones andinas también se encontraba la alianza entre quienes no están conformes con el orden existente y la revuelta popular. La rebelión de Túpac Amaru empezó auspiciada por grupos urbanos, pero en el camino se convirtió en una guerra campesina. Para comparar a las rebeliones andinas Flores parecía tener en mente a los movimientos europeos medievales, como los de Tanquelmo, de Eudes de la Estrella y de los penitentes. Las revueltas de Tanquelmo y Eudes remecieron el norte y noroeste de Europa en el siglo XI. Al igual que con la Gran Rebelión andina, estos movimientos fueron patrocinados inicialmente por los habitantes de las ciudades, los burgueses pero rápidamente se convirtieron en revueltas populares que rechazaban los rasgos civiles.
Tanquelmo fue un notario de la corte del conde Raimundo II de Flandes partidario de las reformas gregorianas. Durante su juventud viajó como parte de una embajada a la Santa Sede, antes de hacer su primera tentativa mesiánica en Brujas, donde fracasó. Debido a ello tuvo que trasladarse a Zelanda y Brabante, donde tuvo mejor fortuna. Vestido como monje predicó al aire libre y atacó a las costumbres licenciosas del clero. En estas provincias en crecimiento económico convocó a multitud de oyentes provenientes del proletariado urbano. En Amberes su predica pasó a una posición más extrema, criticando ya no solamente al clero sino a la Iglesia y a los sacramentos. Bajo su prédica, los habitantes de la ciudad rechazaron los sacramentos ofrecidos por sacerdotes licenciosos. Después predicó contra los diezmos, la gente dejó de pagarlos a la Iglesia y los donó a Tanquelmo y sus discípulos. Tanquelmo se proclamó reencarnación de Cristo, portador del Espíritu Santo y el pueblo creyó en él. Se rodeó de doce hombres y de una mujer, a imagen de los apóstoles y de la Virgen. El nuevo mesías llevó una vida de lujo, luciendo ornamentos reales. Paseaba escoltado por guardias, precedido por una cruz, un estandarte y una espada. Se proclamó rey de los últimos tiempos, llegado para establecer un reino en que los sometidos encontrarían una compensación a sus pasadas desgracias. Durantes varios meses controló Amberes, pero en 1112 fue capturado por el obispo de Colonia. Tanquelmo logró escapar y pelear durante dos o tres años contra los señores feudales y los clérigos que lo perseguían, pero en 1115 lograron emboscarlo y matarlo.
El movimiento de Eudes de la Estrella apareció en las zonas más atrasadas de Bretaña y Gascuña. Su base social se encontraba entre campesinos empobrecidos. Eudes atacó a la rica Iglesia, negó sus poderes y su misión. Fundó una contra-Iglesia, cuyos obispos llevaban nombres asombrosos: Sabiduría, Conocimiento, Juicio, etc. Los partidarios de Eudes vivían en los bosques, saqueaban y quemaban las propiedades de la Iglesia. Estos vagabundos ofrecían banquetes a los que Eudes acudía ataviado como rey. Se proclamó Mesías ante el Papa Eugenio III. Todos se negaban a trabajar, pues creían estar viviendo en el Reino de Dios. Finalmente, en 1148 Eudes fue capturado y murió en prisión.
Estas dos revueltas deben entenderse en el contexto mesiánico y milenarista de su tiempo, el tiempo de las cruzadas. La especulaciones sobre el Rex iniquus, que precede al Anticristo y anuncia la llegada del rey del fin de los tiempos, estaban presentes en toda la época medieval.
Estas especulaciones dieron origen a movimientos populares de protesta, tal como las cruzadas pastoriles. En estos movimientos siempre se veía un antisemitismo sangriento y un anticlericalismo radical, el mismo tipo de caudillos que en las sectas de Tanquelmo y Eudes: ermitaños laicos, predicadores errantes, curas apóstatas, sacerdotes exclaustrados. Siempre había esperanzas mesiánicas y pretensiones de establecer un reino escatológico.
Estos movimientos populares florecieron en una zona donde la industria medieval alcanzó su máximo desarrollo. Allí los contrastes entre la fortuna y la pobreza eran más patentes y la precariedad del nuevo proletariado urbano formado por campesinos desarraigados favorecía la inestabilidad psicosocial.
En este clima de inestabilidad y de cambio vivió Joaquín de Fiore (1135-1202). Nació en Celico, Calabria, donde su padre era notario. Siguió la profesión de su padre en la corte de Palermo. El 1168 peregrinó a Tierra Santa y sobrevivió a una epidemia. Joaquín de Fiore recuerda haber recibido una revelación en el monte Tabor, después de lo cual decidió hacerse monje. Se volvió ermitaño y después de varios años ingresó a la orden cisterciense en Sambucina. En 1177 fue nombrado abad del monasterio de Corazzo (Sicilia), al frente del cual permaneció hasta 1188, año en que el para Clemente III le otorgó dispensa para que se dedica al estudio. Al año siguiente fundó el monasterio de San Juan de Fiore y después la orden de Fiore, aprobada por el papa Celestino II y protegida por el rey de Sicilia y después emperador Federico II.
Joaquín de Fiore creó un sistema profético basado en la correspondencia de las tres personas de la Santísima Trinidad, tres periodos de la historia y tres tipos de hombres: la edad del Padre, desde la Creación hasta el nacimiento de Cristo, correspondía al reino de los legos casados, la Ley y la materia; la edad del Hijo, al reino de los clérigos y de la Fe; y finalmente la edad del Espíritu, que llegaría pronto, correspondía al dominio de un nuevo orden monacal, el reino de los santos. En esta edad los hombres serían liberados del dominio de Ley, de la moral, y de la Fe, de la doctrina; se convertirían a la pobreza evangélica y vivirían según el Espíritu. Joaquín de Fiore fijó el año 1260 como el inicio de la edad del Espíritu.
En 1215, el IV Concilio de Letrán condenó la tesis de Fiore sobre la Trinidad, aunque no su doctrina en conjunto. En cambio la doctrina de sus discípulos, concretada por Gerardo da Borgo San Donnino en El Evangelio eterno, fue prohibida, debido a que vaticinaba la desaparición de la institución eclesiástica. El Evangelio eterno, escrito en 1254, consistía en una exégesis bíblica basada en el esquema de las tres eras de la Trinidad. La última era, el Milenio o Edad del Espíritu Santo, sería una era de paz, alegría, amor y libertad, donde todos adorarían a Dios. La Iglesia fue presentada como una gran burocracia inútil y prescindible. Tres años y medio antes de esta era, llegaría el Anticristo, rey que destruiría a la Iglesia mundana para luego ser derrotado.
La idea de la edad del Espíritu como un reino monacal fue aceptada por las nuevas órdenes religiosas, como los dominicos y los franciscanos. El milenarismo garantizaba un lugar para los pobres. Esta fue la prédica de los hermanos menores. Habría otra edad donde los sufrimientos serían recompensados, donde los humillados serían exaltados y los poderosos abatidos. El milenarismo fue visto como herético por la iglesia. La iglesia condenó el tratado de Fiore contra Pedro Lombardo, pero las nuevas órdenes mendicantes fueron vistas como los nuevos hombres espirituales anunciados por Joaquín. Los franciscanos espirituales a mediados del siglo XIII y otras órdenes de frailes y monjes se apropiaron de su profecía de la tercera edad durante los siguientes tres siglos. Joaquín de Fiore siempre conservó una reputación doble, como santo y hereje, por lo que sus escritos se vieron como altamente peligrosos.
En la Europa medieval, la utopía se fundió con la herejía religiosa. Se esperaba la realización de la utopía al final de los tiempos. Se pensaba que el mundo debía llegar a su término en una fecha precisa, el milenio. Es verdad que la certeza de la llegada del milenio no ocurrió en el año 1000, sino algo más tardíamente, en el siglo XIII, cuando se produjeron las grandes herejías populares europeas. Este clima de fin del mundo fue el entorno en que escribió Joaquín de Fiore. Sin embargo, el advenimiento del milenio fue progresivamente desacreditado por la Iglesia. El retraso de la Parusía fue fortaleciendo paulatinamente a la Iglesia como una institución jerárquica. La teología de San Agustín había marcado la declinación entre la jerarquía eclesiástica de la creencia en la venida inminente del Señor. San Agustín quitó énfasis a la venida inminente declarando que el Reino de Dios había empezado en el mundo con el establecimiento de la Iglesia. La Iglesia como institución era la representante histórica del Reino de Dios en la tierra.
El milenarismo era peligroso para la Iglesia, porque ponía fechas y lugares concretos para la salvación. El fin de los tiempos no era algo lejano sino inminente. La demanda de Cristo, predicar la palabra a todos los hombres de la tierra, se volvió real con la empresa ultramarina. Desde el siglo X, la Iglesia y todas sus instituciones estaban involucradas en el mundo. Nobles laicos tomaban parte en todos los asuntos eclesiásticos, incluyendo la designación de cargos monásticos; a partir de Otón I, los emperadores alemanes designaron a los papas según su conveniencia. Así, al igual que los nobles que nombraban a su gusto, el clero se convirtió en un reflejo de la nobleza y de sus luchas. La reforma cluniacense buscó corregir esta situación, estableciendo que el abad de cada monasterio designara a su sucesor. El Sacro Imperio Romano Germánico controló la designación de los papas hasta la reforma de Hildebrando en 1059. A partir de esta reforma, los cardenales eligieron al Papa, aunque dejaron al emperador su aprobación. Sin embargo, el emperador Enrique IV se opuso a esta limitación de su poder e inició la querella de las investiduras. La lucha entre el papado y el Imperio terminó con la renuncia de Enrique V en 1122 al derecho de la investidura. Para la gente llana y el bajo clero, la Curia y los príncipes de la Iglesia aparecieron como el enemigo a vencer.
El catarismo se difundió por la península ibérica a lo largo de los siglos XII y XIII. Este movimiento llegó desde el mediodía francés, desde Occitania, siguiendo las rutas de los mercaderes y trabajadores de la lana y prosperó gracias al apoyo que encontraron los cátaros en los señores feudales de las regiones pirenaicas. Entre la corona de Aragón y sus vecinos de Foix, Toulouse, Cominges, Rosellón, Narbona, Montpellier y Provenza existían numerosos lazos económicos, políticos y familiares. Se desconoce el momento exacto de la entrada del catarismo en los dominios de la corona de Aragón. El concilio de San Félix de Caramanh (1167), de gran trascendencia para la iglesia cátara languedociana, dio la primera noticia de la existencia de buenos hombres en tierras catalanas. Pedro el Católico habitualmente fue tolerante con los buenos hombres. Los intereses comunes entre señores catalano-aragoneses y occitanos, terminaron por enemistarlos con la nobleza de la Francia septentrional, a causa de sus deseos de predominio sobre los territorios occitanos. El catarismo se difundió en Cataluña. Inocencio III proclamó la cruzada contra los albigenses del Languedoc en 1209.a los herejes se organizó una expedición dirigida por Simón IV, señor de Montfort, que tenía también fines políticos al servicio de los reyes Capeto franceses. Los cruzados atacaron a varios vasallos y parientes del monarca aragonés, entre ellos el conde de Foix y Raimundo VI conde de Toulouse. Pedro II intentó lograr un acuerdo con Simón de Montfort en 1211, sin éxito. La derrota y muerte de Pedro II en 1213, en la batalla de Muret, frente a los cruzados de Simón de Montfort detuvieron la expansión catalana en Occitania y la expansión cátara en Cataluña. En 1229, mediante el tratado de Meaux, los reyes Capeto impusieron su soberanía sobre las tierras del Midi.
Para lograr la completa erradicación de la herejía cátara, el papa Inocencio III envío legados a diversas diócesis para estimular y reforzar la acción de los obispos, predicar y a atraer a los herejes a la fe. Domingo de Guzmán tomó parte en estas misiones en el mediodía francés entre 1206 y 1209. La frecuente ineficacia del tribunal de los obispos condujo al emperador Federico II y al papa Gregorio IX a decidir la creación de un tribunal extraordinario, donde el juez sería un clérigo, pero el príncipe garantizaría la base y la eficacia temporales de sus decisiones. En 1231 se creó el oficio de la Inquisición para aplicarse en Alemania y en Italia. Este tribunal se introdujo en el norte de Francia en 1233, y en el mediodía en 1234. A partir de 1252 la Inquisición dispuso del derecho de tortura a los presuntos herejes para lograr su confesión. Para la elección del juez, el papa Gregorio IX se inclinó hacia los religiosos y ocasionalmente los sacerdotes seculares. El primer inquisidor conocido fue Conrado de Marburgo, un secular. Sin embargo, los dominicos tempranamente se hacen cargo de la Inquisición, especialmente en Francia. Tres años después se les sumaron los franciscanos. En adelante, los inquisidores del Languedoc fueron ordinariamente dominicos mientras que los de Provenza fueron franciscanos.
Tras la derrota en Muret, muchos cátaros buscaron refugio en la península ibérica, en tierras catalanas y aragonesas especialmente. Jaime I (1213-1276) abandonó los intereses occitanos y el deseo de crear un reino pirenaico, y se volvió hacia el Mediterráneo. Los refugiados cátaros se establecieron en los dominios de la Corona aragonesa y tomaron parte en la repoblación de Cataluña, Baleares y Valencia. El funcionamiento de la Inquisición en Aragón desde el año 1232 contribuyó a erradicar los restos de herejía cátara en los reinos orientales. En torno a 1300, sus supervivencias no eran importantes.
Hacia 1260 surgieron los movimientos de flagelación penitencial, a veces dentro de la ortodoxia, a veces heréticos. Los movimientos de flagelantes aparecieron en Italia como procesiones organizadas por clérigos para apresurar la venida de la tercera edad, la edad del Espíritu. Las grandes pestes de 1258 y 1259 favorecieron la aparición de un clima emocional adecuado para las flagelaciones. El movimiento se extendió por Perusa, Roma, las ciudades de Lombardía y desde allí a Alemania. En Alemania, el movimiento se volvió anticlerical. Ya en 1260 el hermano Arnaldo había predicado que la Santa Comunidad, los pobres, se apropiarían de la autoridad de la Iglesia. Los flagelantes alemanes aseguraban que podían salvarse sin la mediación de la Iglesia o la observancia de los sacramentos, solamente por los méritos adquiridos por la flagelación. El clero y los príncipes alemanes acabaron con el movimiento de flagelantes, aunque este sobrevivió clandestinamente y revivió en periodos de hambre o peste. Sus adeptos se reclutaban entre gente humillada, condenada a la pobreza sin esperanza, que justificaban sus creencias en revelaciones y visiones. Las revueltas populares de la baja Edad Media, las grandes herejías populares, veían la lucha contra la miseria como una manera de acercarse al fin de los tiempos. Los poderosos eran instrumentos del mal que debían ser abatidos. El milenarismo fue el sustento de las herejías que asolaron Europa durante los siglos XII y XIII. Las herejías brotan en el norte de Italia, el sur de Francia, Alemania, Hungría. En España el inconformismo religioso tomó un aspecto diferente: el misticismo apocalíptico, influido por el mundo árabe, por el sufismo.
Entre finales del siglo XIII y finales del XIV, el no conformismo medieval adquirió, junto a los movimientos de pobreza, aspectos antinómicos que condujeron a la herejía del libre espíritu. Mediante la pobreza voluntaria, los ricos renunciaban a sus bienes y se unían a la protesta de los pobres que anhelan la riqueza del Reino de los Cielos. A ellos les estaba permitido todo, porque vivían ya en la libertad de un mundo sin pecado, en el que cualquier cosa que se hiciese era santa. Desobedecían las normas éticas vigentes y desafiaban las reglas de la sociedad y de la Iglesia. Su antinomismo proviene tanto de la aspiración a la pobreza, como de su eclesiología (el joaquinismo), su escatología o su mesianismo. Son el pináculo del clima de rebelión constante reprimida o frustrada que se vivía al final de la Edad Media. Los franciscanos espirituales, las sectas joaquinistas, los flagelantes e incluso los franciscanos terciarios difundieron estas ideas antinómicas. A finales del siglo XIII, esta doctrina religiosa, llamada del libre espíritu, se extendió a través de mendigos y ermitaños llamados begardos. Los begardos llevaban una vida peregrina, mendigaban su comida y mantenían un contacto permanente con las gentes del pueblo.
Otra tendencia desarrollada durante el fin de la Edad Media fue el antinomismo. Este afirmaba que la sola fe en Cristo liberaba a los cristianos de la obligación de observar la ley moral, propuesta en el Antiguo Testamento. La insistencia de San Pablo en sus Cartas sobre la incapacidad de la ley para asegurar la salvación y la salvación mediante la fe sin las buenas obras fueron la base para plantear la abolición de toda obligación para obedecer a la ley moral. El cristiano se debía comportar de forma ejemplar sin coacción, sino a partir de una devoción superior a la ley. Sin embargo, la ausencia de la obligación fue entendida como un permiso para ignorar la ley moral y carecer de reglas para determinar la conducta que se debía seguir. Ya en el siglo XVI, Lutero describió las opiniones del predicador alemán Johann Agricola como antinomistas para refutarlas. La controversia antinomiana de este periodo terminó en 1540 cuando Agricola se retractó de sus tesis. Posteriormente, otros movimientos inconformistas, como los anabaptistas ingleses se adhirieron y defendieron posiciones antinomistas.
Las características del cristianismo europeo variaron en el siglo XII debido al desarrollo urbano. La nueva sociedad, basada en la división del trabajo y la economía monetaria, se organiza en obreros artesanos y burgueses. En ellos se forma una nueva percepción del cristianismo. El primer rasgo de esta nueva percepción es la promoción de la pobreza a través de la pobreza voluntaria.
El ideal de la vida apostólica, basado en el seguimiento estricto de Cristo, la pobreza rigurosa, la comunidad de bienes y una piedad evangélica, condujo finalmente a la reforma y renovación religiosa entre los siglos XI y XIII. Este mismo ideario orientó programas heréticos, subversivos,  frente al orden de la sociedad feudal, llena de desigualdades.
Estos ideales, que animaron los valdenses, se convirtieron en los objetivos esenciales de las corrientes pauperísticas de los siglos XIII y XV, los movimientos de los espirituales y de los fraticelli, los que fueron los sectores más radicales de las órdenes mendicantes, especialmente de la franciscana, y de las beguinas y begardos. Los movimientos no conformistas medievales mantuvieron una relación estrecha con la idea de reforma de la Iglesia. Sin embargo, las sectas más radicales fueron más allá de la idea de reforma y de la subsistencia misma de la Iglesia como institución de salvación. Las sectas radicales fueron más allá de la Reforma protestante y buscaron restituir a la Iglesia al modelo apostólico de los inicios del cristianismo. Estas sectas surgieron tanto en los países protestantes como en los católicos, pero desaparecieron de España a lo largo del siglo XVI.
Juan Olivi, natural del Languedoc, propagó las ideas joaquinistas y la doctrina pauperística en Cataluña. Durante el siglo XIV vivieron catalanes adeptos a la ideología de los fraticelli, como Arnau Oliver, Bernat Fuster, Ponç Carbonell y Arnau Muntaner. Muchos beaterios catalanes de mujeres y varones piadosos, las beguinas y los begardos, siguieron la conducta de los espirituales y fraticelli. Algunos de estos grupos desarrollaron el radicalismo extremista de los franciscanos heréticos. Surgieron centros de beguinos en Barcelona, Gerona, Villafranca del Penedés, Puigcerdà, Valencia y Mallorca.misma corte de Mallorca fue un foco importante de beguinismo. Varios hijos de Jaime II (1262-1311) favorecieron la causa de los fraticelli, incluso después de su enfrentamiento con el papa Juan XXII a causa de la disputa sobre la pobreza de Cristo y los apóstoles. Sancha, hija de Jaime II, esposa de Roberto II de Nápoles, convirtió la corte napolitana en refugio para los franciscanos extremistas, perseguidos por la Santa Sede después de la condena de Juan XXII. El heredero de Jaime II, Felipe, terminó asumiendo las ideas y la práctica religiosa de los fraticelli formó un círculo vivaz y austero de beguinos, al ser nombrado regente de Mallorca en 1324.
El movimiento franciscano y de beguinos y fraticelli persistió en Aragón hasta el siglo XV, a pesar de la condena del concilio de Vienne contra las tendencias quietistas e iluministas que existían en algunos sectores del beguinismo. El concilio de Tarragona de 1317 enfatizó la cautela necesaria para de discernir lo ortodoxo de lo heterodoxo en esta corriente espiritual.
El fenómeno beguino logró gran difusión en la parte occidental de la corona de Castilla, en Galicia, en Sevilla, en Salamanca y Burgos. Hasta la primera mitad del siglo XV persistió la presencia de fraticelli en España.

El Renacimiento en los Andes
Europa vivió en el siglo XV el Renacimiento y la formación de la modernidad. Los rasgos modernos estuvieron presentes en la España del siglo XVI. Los hombres del Renacimiento exaltaban el mundo clásico, condenaban a la Edad Media como una etapa ignorante y bárbara y proclamaban a su época como un tiempo de luz.
Sin embargo, el mundo del Renacimiento y de la Modernidad, el mundo de Moro, era un mundo donde los corderos se comían a los hombres. Moro no había ubicado su utopía en la región de las Ideas ni en la invisible y celestial Ciudad de Dios, sino en una Utopía real, verdadera y utópicamente cristiana. El pensamiento humanista cristiano era fundamentalmente utópico. Cuando ocurrió la crisis de Lutero, Erasmo buscó una mínima unidad doctrinal cristiana e hizo todo lo posible para que el Emperador obligara al Papa a convocar un concilio. Sin embargo, la dieta de Augsburgo dio la razón al fanatismo y preparó el camino para la Contrarreforma. La postura del humanismo cristiano fue un mesianismo imperial, secular y pacifista. Además de la Querella Pacis de Erasmo se publicaron el Concordia y Discordia de Vives, los Diálogos de Alonso de Valdés. Vives expuso su utopía pedagógica en el De corruptis Artibus y el De tradendis Discipliniis. Juan de Valdés expuso una utopía estrictamente religiosa.
Erasmo fue el campeón del humanismo cristiano. Pese a haber ingresado al seminario de los monjes agustinos y realizado los votos sacerdotales, nunca ejerció el sacerdocio. De hecho, a lo largo de su vida esgrimió múltiples argumentos para atacar a la vida monástica, a la que consideraba uno de los grandes males que sufría la Iglesia Católica.

Tras consagrarse sacerdote en 1490, Erasmo estudió en la Universidad de París, donde formó su carácter de librepensador y académico de ideas independientes. Erasmo fue profesor titular de Teología en Cambridge durante el reinado de Enrique VIII. Desde este momento mantuvo amistad con Tomás Moro, John Colet, Thomas Linacre y William Grocyn. Entre 1506 y 1509 Erasmo vivió en Italia, trabajando casi siempre en la casa editorial de Aldus Manutius en Venecia.

A partir de su actividad universitaria y literaria, Erasmo formó una generación de humanistas. Sin embargo también se formó un grupo de personas hostiles a los principios que preconizaba Erasmo. El desarrolló un profundo rechazo contra la autoridad establecida, probablemente por los métodos de disciplina que se empleaba para quebrar la voluntad de los alumnos tanto en la escuela, como en el seminario y la universidad. Erasmo decidió revertir esta situación retornando al núcleo esencial de los textos clásicos y aplicándolos a la humanización y liberalización de las ideas.
La polémica de Erasmo contra la Iglesia no se originaba en el cuestionamiento de la doctrina ni en hostilidad contra la institución en sí. Erasmo no era ni anticatólico ni anticlerical. Esto se observa mediante la simple lectura de sus libros. Al contrario, Erasmo quería utilizar su formación y conocimiento para purificar la doctrina. Erasmo buscó liberar a la Iglesia de la rigidez del pensamiento y las instituciones medievales.
En 1503 Erasmo publica el Enchiridion Militiis Christiani, donde definió los principales aspectos de la vida cristiana. Para Erasmo, la vida cristiana debía basarse en la sinceridad. El Mal crecía en el formalismo, el respeto irracional por la tradición. Durante su estancia en Inglaterra comenzó el estudio sistemático del Nuevo Testamento, a fin de publicar una nueva versión latina, que fue publicada por la casa Froben en Basilea en 1516. La versión de Erasmo condujo a un mayor impulso a los estudios bíblicos  e incluso fue empleada por Martín Lutero para el desarrollo de su teología posterior.
En 1515 Erasmo escribió para el Archiduque Carlos, gobernador de los Países Bajos, la Institutio Principis Christiani. Sin embargo, al cabo de medio siglo todas las obras de Erasmo fueron censuradas e incluidas en el Índice de Libros Prohibidos por el Concilio de Trento.
La tradición intelectual desarrollada en Europa occidental durante y después del Renacimiento no consideraba el desarrolló de la historia en base a ciclos. Las predicciones cristianas habían puesto énfasis en el cambio radical del pasado y en realidad de un futuro distinto, abandonando la idea de la repetición de los hechos pasados. Sin embargo, algunos pensadores del Renacimiento creyeron que las pautas concretas de los hechos sí podrían repetirse, y creían que podía utilizarse analogías históricas para tener una sugestión de lo que ocurriría en el futuro. Maquiavelo argumentó que un príncipe que se enfrentara con problemas en su dominio podía determinar su futuro si observaba las decisiones tomadas por otros príncipes romanos o italianos anteriores. El razonó que mientras más parecidas fueran las situaciones, las consecuencias de una determinada elección podrían ser previstas con mayor seguridad.
Uno de los objetivos del humanismo fue lograr que la Biblia llegara a la gente común en su propia lengua. La Inquisición se opuso siempre a este esfuerzo. La primera versión del Nuevo Testamento en castellano apareció en 1543, traducido del griego por Francisco de Enzinas, quien estudió en las universidades de Lovaina y Witennberg. La traducción del Nuevo Testamento de Enzinas se publicó dos años antes del inicio del Concilio de Trento pero veintiún años después que Martín Lutero hiciera su traducción al alemán y dieciocho años después que William Tyndale hubiera hecho la suya al inglés. Las versiones italiana y francesa de Bruccioli y Pierre Olivetan habían sido publicadas ocho años antes. Poco después de ser publicada la edición del Nuevo Testamento de Enzinas, fue prohibido, los libros recogidos y confiscados por las autoridades eclesiásticas y civiles.
Ya antes de Trento, la Inquisición española persiguió la proliferación de las ideas heterodoxas,  restringiendo el ingreso de libros de autores protestantes. En 1522, en Sevilla, el Santo Oficio decomisó 450 biblias impresas en el extranjero. Sevilla era el sitio más propicio para escapar al control ideológico debido a su condición de puerto de comercio internacional. La prohibición de libros luteranos de 1521 fue ampliada por el Inquisidor general Valdés en 1551. El Índice de libros prohibidos de ese año contenía la censura de 16 autores, incluidos los reformadores más importantes. Además se decretaron regulaciones especiales para la impresión y circulación de biblias y libros en hebreo y árabe. Un decreto de 1558 dividió a los libros en categorías: todos los libros escritos por heresiarcas; todos los libros escritos por los condenados por la Inquisición; todos los libros sobre judíos y moros con tendencia anticatólica; todas las traducciones heréticas de la Biblia; todas las traducciones de la Biblia a lenguas vernáculas, aunque hubieran sido traducidas por católicos; todos los devocionarios en lengua vernácula; todas las obras de controversias entre católicos y herejes; todos los libros sobre magia; todos los versos que utilizaran citas de la Biblia en sentido profano; todos los libros impresos desde 1515 sin especificar el autor y el editor; todos los libros anticatólicos; todos los cuadros e imágenes irrespetuosos con la religión. Se impidió que la gente común tuviera acceso a la Biblia en su propio idioma. La Inquisición sostenía que los herejes se delataban por el uso indiscriminado de la Sagrada Escritura. Todos, incluyendo laicos y mujeres, reclamaban el derecho de leer la palabra revelada y tenían la presunción de entenderla sin necesidad de estudios superiores. Además buscaban traducir a una lengua vulgar lo que era sagrado. La mentalidad medieval estuvo marcada por cierto literalismo bíblico, que en las herejías asumía un carácter popular y laico. Los laicos querían leer las Sagradas Escrituras en su lengua vernácula, para poder aprenderla de memoria en traducciones y guiarse en sus vidas por las actitudes que éstas les sugerían. La jerarquía eclesiástica rechazó este evangelismo popular.
He visto con mis propios ojos a un joven campesino que ha pasado solamente un año en casa de un hereje valdense pero que a fuerza de escuchar atentamente y de repetir con cuidado lo que había escuchado, había memorizado en ese corto tiempo cuarenta trozos evangélicos dominicales. Todo esto lo había aprendido palabra por palabra, en su lengua materna... He visto también a laicos que eran capaces de recitar de memoria una buena parte de los evangelios según Mateo y Lucas, y especialmente todo lo concerniente a las palabras, y enseñanzas de nuestro Señor. En efecto, ellos saben repetirlo fielmente, con algunas faltas aquí y allá.
Pocos centros intelectuales pueden, en esa época, rivalizar con los valdenses en lo que concierne a su febril aplicación al estudio de la Biblia, a su ardiente entusiasmo por aprenderla en lengua materna. En un tiempo en el que los medios de instrucción eran pobres y rudimentarios, un florecimiento tal de energías intelectuales en las capas inferiores de la población, no puede menos que llenarnos de asombro. Leemos en un documento del siglo XII que los valdenses, jóvenes y ancianos, hombres y mujeres, se dedicaban sin reposo, día y noche, a aprender y a enseñar. Un obrero ocupado en su trabajo durante el día, se apresara apenas cae la tarde y corre a estudiar y a instruir a otros más ignorantes que él. Hasta un niño de siete años, habiendo aprendido de memoria un versículo de la Biblia, va a buscar a alguien con quien compartirlo... Sin duda, para los espíritus incultos, no habituados a la gimnasia mental, un trabajo intelectual de este tipo debía ser muy penoso, pero gracias a su obstinación, a su perseverancia cotidiana y al método del “disce quotidie unum verbum” a menudo obtenían resultados notables, a veces francamente extraordinarios. (Di Stefano A., Riformatori de eretici del Medievo, Palermo 1938, 313-314)
Para la Iglesia no era reprensible el deseo de conocer la Sagrada Escritura y querer predicarla a los demás, pero negaba que la Sagrada Escritura, profunda y difícil hasta para los sabios, debiese estar en manos de simples e indoctos. El papa Inocencio había sentenciado que el simple e indocto que presumiese allegarse a la sublimidad de la Sagrada Escritura debía ser tratado como la Bestia que tocaba el monte Sinaí: laico y bestia merecían morir. Nadie podía apropiarse libremente de la Orden de la Predicación.
Los herejes pretendían leer e interpretar la Biblia sin la mediación de los clérigos y teólogos. El Bularium Romano colocó el siguiente título-resumen a la Bula de Inocencio: Los laicos más rudos no deberán atreverse ni a juzgar las Escrituras Sagradas, ni a reunirse ni a predicar sin autorización, ni a despreciar a los sacerdotes de la Iglesia. El documento del magisterio era inequívoco:
Fue determinado correctamente en la Antigua Ley que la Bestia que tocase el monte debía ser lapidada. Del mismo modo decimos que ningún simple e indocto presuma allegarse a la sublimidad de la Sagrada Escritura, menos aún predicarla a los demás.
La Contrarreforma evitó la circulación de la Biblia e impidió el desarrollo de una mentalidad abierta y capaz de adaptarse a los cambios del mundo moderno.
Mientras en España, como consecuencia del temor a la herejía luterana, hubo un control cuidadoso de los impresos, en Alemania y otros países protestantes hubo una gran producción de libros. La imprenta fue un instrumento eficaz para difundir masivamente las ideas de Lutero. El reformador consideró que la imprenta era un regalo divino. Entre 1517 y 1520 se publicaron más de 300 mil ejemplares de una treintena de escritos de Martín Lutero.
La Inquisición mantuvo un estricto control de los impresos que llegaba o se producía en el Nuevo Mundo. La revisión de los libros que llegaban procedentes de España era exhaustiva. Si estaban en la lista de libros censurados en España, eran confiscados. Entre 1539 y 1585 se imprimieron en Nueva España catecismos en grandes cantidades. Los concilios provinciales de 1565 y 1585 prohibieron la publicación de sermones, epístolas, evangelios y otras partes de la Biblia traducidos a lenguas indígenas. Los franciscanos se opusieron a estas medidas, ya que deseaban traducir las Escrituras para favorecer la evangelización. Los franciscanos Alonso de Molina y Bernardino de Sahagún fueron partidarios de la traducción de la Biblia, al menos parcialmente, a las lenguas indígenas. Los dominicos Domingo de la Anunciación y Juan de la Cruz sostenían el punto de vista opuesto y afirmaban que no se debía entregar libros, de manuscritos o impresos a los indios.
La Inquisición mantuvo la prohibición de leer la Biblia en lenguas vulgares hasta 1782, cuando el Inquisidor Felipe Beltrán derogó la censura e hizo factible que la Biblia pudiera llegar al Nuevo Mundo. James Thomson viajó a Buenos Aires en 1818, con el objetivo de promover la venta de la Biblia. La Sociedad Bíblica Británica lo envió con este fin a Chile en 1822, a Perú en 1824, a Colombia en 1825 y a México en 1827. La Contrarreforma, al restringir la lectura de la Biblia y restringir la de muchos otros libros retrasó la alfabetización de las personas comunes. La alfabetización había sido uno de los objetivos fundamentales del protestantismo, ya que Lucero había entendido que todos los creyentes eran sacerdotes y que por ello todos debían saber leer. Las iglesias protestantes alentaron el aprendizaje de la lectura por las poblaciones urbanas y rurales. Así la Iglesia luterana de Suecia, apoyada por la Corona, logró alfabetizar un país masivamente rural en algunas generaciones. Entre 1680 y 1690 el 80 % de los niños aprendió a leer.

El futuro y el fin de los tiempos
Flores imaginó el futuro como una discontinuidad con la historia vigente, creyendo que si ciertas condiciones habían prevalecido por un tiempo tan prolongado, la fuerza de la cultura andina podría desviar el curso de la historia hacia un rumbo completamente distinto. El tiempo de dominación española que los hombres andinos habían vivido no podía ser la guía para su futuro. El pasado andino ofrecía una medida de lo dramático que podía ser el cambio. En la historia del Viejo Mundo, el judaísmo adoptó este enfoque dramático y asumió que en algún momento ocurriría la venida del Mesías. El cristianismo heredó la escatología judía y desarrolló un interés desmedido por la historia en el convencimiento de que el futuro sería alterado por un cambio dramático. El cristianismo creía en el final catastrófico de la historia humana. En el Evangelio según san Marcos, Jesús profetizó:
Pero en estos días... el sol se oscurecerá, y la luna no dará su luz... Y entonces verán al Hijo del Hombre viniendo entre las nubes con gran poder y gloria (Mc. 13,24-26).
El Apocalipsis anunció un reino de Cristo que duraría 1.000 años, seguido de un retorno de Satán y un período de pruebas terribles para los cristianos. El reino del Anticristo culminaría con la segunda venida de Cristo y resurrección de quienes finalmente se salvarían (Ap. 21,4-10). El cristianismo creía tanto en el fin de la historia como en el futuro apocalíptico o milenarista. Durante la Baja Edad Media, los escritores cristianos recopilaron anales de sus tiempos sin presagiar los hechos futuros. Sin embargo, esta actitud comenzó a cambiar en los siglos XII y XIII. Desde entonces se ha desarrollado un pensamiento cristiano dramático acerca del futuro. Surgió una escuela apocalíptica cristiana de gran vitalidad. Se aceptó que la intervención divina interrumpiría el curso normal de la historia. La intervención divina marcaría el futuro. Varios teólogos del siglo XII especularon sobre el reino del Anticristo. Según el Evangelio según san Mateo el reino del Anticristo antecedería al Día del Juicio Final. Joaquín de Fiore, el primer profeta apocalíptico cristiano de la Edad Media, desarrolló una teoría de las edades históricas basada en la revelación progresiva de las personas de la Santísima Trinidad.
La búsqueda de analogías históricas también se aplicó para la comprensión del Nuevo Mundo.  Nuevo mundo y fin del mundo: se formó una idea apocalíptica de América, donde la realidad del continente fue interpretada a través del texto de las Revelaciones. La tendencia para encontrar en el pasado la anticipación del descubrimiento yacía profundamente en la mentalidad europea. Así el tema de la edad de Oro­ fue el punto de partida para la tradición utópica que se desarrolló al tomar contacto los conquistadores y los misioneros con las poblaciones americanas.
Cristóbal Colón en la carta al preceptor del príncipe don Juan realizó una lectura figurativa de la historia, de acuerdo al método exegético propio del cristianismo medieval. Allí nació el vínculo entre la Conquista de América y el advenimiento de los últimos tiempos. Nada de esto había aparecido con la expansión colonial en África y en India. La importante tradición franciscana, incluso heterodoxa, de Castilla en el tiempo de Colón favoreció las interpretaciones apocalípticas de la empresa ultramarina. La tradición franciscana, propensa a las profecías, cumplió un rol principal en la elaboración de las crónicas de la Conquista, especialmente de México, interpretando el Apocalipsis a partir de una visión milenarista. Marcel Bataillon resaltó los temas y esperanzas utópicas relacionadas al descubrimiento de América y la construcción de la nueva sociedad cristiana en el Nuevo Mundo.
La tradición de profecías apocalípticas produjo en el siglo XVI al profeta más ambiguo de la edad moderna, Nostradamus. El anunció guerras, asesinatos y grandes batallas. Las profecías apocalípticas estuvieron presentes en el pensamiento del reformador Martín Lutero y en el ideario de la Guerra Civil inglesa del siglo XVII. Muchos milenaristas emigraron a Estados Unidos en búsqueda de tolerancia religiosa. Norteamérica se convirtió en el centro de acogida para el pensamiento apocalíptico. Las principales corrientes del protestantismo norteamericano se hicieron más conservadoras en el siglo XIX, pero las profecías religiosas siguieron siendo una parte importante de ellas. Los adventistas trajeron a los Andes estas versiones apocalípticas desarrolladas en Norteamérica.

Las órdenes religiosas en los Andes
La actitud de las órdenes religiosas en la evangelización de América no fue pareja. Fueron cuatro las órdenes que participaron en la evangelización: los mercedarios, los franciscanos, los dominicos y los jesuitas.
La Orden de la Santísima Virgen María de la Merced de la Redención de los Cautivos, fundada oficialmente el 10 de agosto de 1218 y confirmada por el papa Gregorio IX en 1235, se formó a partir de una asociación creada en 1203 por san Pedro Nolasco, con la ayuda de san Raimundo de Peñafort, para socorrer y rescatar a los cristianos cautivos de los infieles. Originalmente no había sacerdotes dentro de la orden, a partir del siglo XIV se clericalizó. Los mercedarios pasaron a América desde el segundo viaje de Colón.

La orden franciscana fue fundada, probablemente en 1208, por san Francisco de Asís. Fue aprobada por el papa Inocencio III en 1209. En 1223, el papa Honorio III emitió una bula por la que estableció a los Frailes Menores como una orden formal católica. La Orden fundada por san Francisco estaba formada, en gran parte, por hermanos legos, pero, un siglo después de su muerte era una Orden docta y clerical, con miles de miembros que servían a la Iglesia en actividades pastorales, misioneras, diplomáticas, ecuménicas y universitarias, llegando muchos de ellos a ocupar cátedras episcopales, cardenalicias e incluso papales, entre ellos Nicolás IV (Jeronimo Masci, 1288-1292), Alejandro V (Pitros Philargis, 1409-1410), Sixto IV (Francisco della Rovere1471-1484), Sixto V (Félix Peretti de Montalto, 1585-1590) y Clemente XIV (Lorenzo Ganganelli, 1769-1774). Los franciscanos conventuales constituyeron el tronco original de la Orden, del que brotaron las distintas ramas reformadas. En 1250, el papa Inocencio IV buscó tutelar la labor pastoral de los Hermanos Menores, declarando conventuales sus iglesias, es decir, dándoles la misma prerrogativa que las colegiatas. Los frailes, sin embargo, no recibieron tal denominación hasta la segunda mitad del siglo XIV, para distinguirlos de aquellos que se retiraban a ermitas, en busca de una observancia más fiel de la Regla. En 1517 León X  dividió la orden en dos grupos: conventuales, autorizados a poseer bienes comunales, y observantes, quienes seguían los preceptos de Francisco lo más literalmente posible, que se convirtieron en la rama principal de la Orden. En España, los frailes Conventuales o Claustrales fueron suprimidos, a instancias de los Observantes, por los Reyes Católicos a principios del siglo XVI, y por Felipe II en 1568. A comienzos del siglo XVI se formó una tercera comunidad, los capuchinos.

Los franciscanos pasaron a América en el primer viaje de Colón. Los franciscanos se establecieron en la isla de La Española en 1500. Los franciscanos fueron también los primeros en llegar al continente, a Tierra Firme, en 1524, y se extendieron por el virreinato de Nueva España y el virreinato del Perú a partir de 1541.
La orden franciscana había producido en el siglo XIII el movimiento de los fraticelli. Estos grupos terminaron por separarse de los franciscanos durante los siglos XIV y XV, manteniendo opiniones extremas respecto a la pobreza. Uno de los primeros grupos divergentes, denominados franciscanos celestinos, celantes o espirituales, practicaban un ascetismo riguroso. Fueron partidarios de una pobreza radical, sin interpretaciones pontificias, hasta el extremo de acusar a la Orden de relajación en el Concilio de Vienne (1311-1312) y de negar al Papa el derecho a interpretar la Regla. Fue por ese motivo que el grupo fue acusado de herejía y la orden fue suprimida por el Juan XXII en 1317. Como respuesta, los espirituales declararon que eran la única católica verdadera, dando a entender que el resto de la Iglesia era hereje y que las bulas papales no tenían valor. Los fraticelli continuaron sus actividades durante todo el siglo XIV, a pesar de las medidas dictadas contra de ellos. En el siglo XV el movimiento desapareció. En el siglo XVI, el milenarismo habría pasado a América con los misioneros franciscanos.
La Orden de los Hermanos Predicadores fue fundada en 1214 por santo Domingo de Guzmán en Toulouse. Fue confirmada por Honorio III en 1216. Su objetivo fue luchar contra las herejías de aquel tiempo, por medio de la predica, la enseñanza y el ejemplo de austeridad. De acuerdo con el propósito de su fundación, los dominicos desarrollaron una labor intensa como predicadores y se enfrentaron a cualquier variación en las enseñanzas de la Iglesia católica. A consecuencia de los desmanes cometidos durante la represión de la herejía albigense, el concilio de Toulouse (1229) creó el Tribunal de la Inquisición. La Inquisición se encomendó a la orden dominicana, conformándose un tribunal permanente que actuaba en concordancia con el obispo de la región infectada por la herejía, por ello se la denominaba Inquisición Pontificia. En España la Inquisición se transformó en una dependencia de la Corona. Después de 1620, se encargaron de supervisar la impresión de los libros.
La Compañía de Jesús fue fundada por san Ignacio de Loyola en 1534 y confirmada oficialmente por el papa Pablo III en 1540. Su objetivo fue  difundir la fe católica por medio de la predicación y la educación. La Compañía creció rápidamente y tuvo un papel decisivo durante la Contrarreforma, fundando escuelas y centros de estudios superiores en toda Europa. La educación jesuítica se enfocó a fortalecer la fe católica frente a la expansión del protestantismo.
La actividad misionera de los jesuitas fue muy exitosa. En todo el Nuevo Mundo fundaron reducciones, siendo las más famosas las de Paraguay. Eran comunidades de indígenas, gobernadas por los jesuitas. Por 200 años los jesuitas controlaron una población de 160.000 personas.
Los franciscanos fueron la orden religiosa más nutrida establecida en los nuevos territorios durante el siglo XVI, con un total de 2782. Claramente el cristianismo americano empezó siendo franciscano. La segunda orden religiosa en número fue la Orden dominica, con 1579. Los jesuitas fueron una minoría, apenas 133. Entre estos religiosos había quienes tenían esperanzas en la realización del milenio tras el descubrimiento de América.
Se ha planteado la existencia de movimientos inconformistas que sostenían la nulidad de la Conquista. Se ha sugerido que había divergencias en el interior de las órdenes religiosas. Habría existido un grupo de religiosos rigurosos que respetaban a la Inquisición, obedecían a la jerarquía española y buscaban la evangelización imponiéndose a las culturas indias; y otro grupo, como los celantes, que anhelaban reconstruir la iglesia primitiva en el Nuevo Mundo.
El Virrey Francisco de Toledo habría ejercido presión sobre la acción evangelizadora de las órdenes religiosas, en particular sobre la Compañía de Jesús. En el asentamiento minero de Potosí, los indios mineros habían logrado hacerse de cantidades considerables de plata para venderla en el mercado de Potosí. Sin embargo los jesuitas, llegados en 1576, protestaron declarando que los indios vendían metal robado, y cuestionaron el sistema económico implantado por Toledo. Por esto fueron expulsados de Potosí el 1578. En 1576 el Padre Luis López fue acusado de herejía, apostasía y crimen de lesa majestad, al haber redactado un manuscrito en el cual atacaba duramente al Rey y a su administración y cuestionaba los justos títulos del monarca a poseer el Perú.  Se ha atribuido a jesuitas como Blas Valera, Martin de Funes, el Padre Torres y Luis López el proyecto de fundar un reino indígena, libre del control de los conquistadores. Las Reducciones de Paraguay fueron el resultado de estos intentos autonomistas.
No se ha descrito el derrotero de los místicos y los herejes para llegar a Perú. En el caso de España, la mística se desarrolló por influencia de los árabes. Los más destacados de estos místicos fueron Ibn Arabi e Ibn al Farid. Ibn Arabi fue el primer filósofo musulmán que trató el sufismo. Los españoles aprendieron de la mística árabe durante largo tiempo. Los ejemplos más destacados fueron Santa Teresa de Avila y San Juan de la Cruz. En el caso de Perú no se ha establecido cuál fue el tiempo de aprendizaje de la mística.

Alumbrados, conversos y apóstatas
Los españoles que migraron a América no necesariamente eran bien vistos allá. El milenarismo pasó a América con los franciscanos. Ellos fueron la orden religiosa más numerosa establecida en el Nuevo Mundo durante el siglo XVI. Le seguían en número los dominicos y los jesuitas. Algunos de estos religiosos esperaron la realización del milenio tras el descubrimiento de América. La utopía apareció relacionada a las esperanzas milenaristas de los franciscanos tanto como referencia a los proyectos de una sociedad imaginaria. La obra de More impresa en Lovaina en 1516 fue leída por el franciscano Juan de Zumarraga, primer obispo de México, y por el juez Vasco de Quiroga, obispo de Michoacán.
El descubrimiento de América coincidió con el establecimiento de una relación entre la predicación penitencial y las profecías apocalípticas y milenaristas. Este vínculo convirtió a un predicador penitencial como Girolamo Savonarola en un profeta del Apocalipsis y del milenio. La historia de Savonarola reflejaba el ambiente agitado por las transformaciones profundas de la sociedad europea durante el final de la Edad Media, producido por un presente llenó de ansiedad y un futuro lleno de inquietud. Este clima condujo a la búsqueda en las Sagradas Escritura de una narración del pasado que pudiera ser entendida como una profecía del futuro.
La cristiandad del otoño de la Edad Media vivía insatisfecha con el papel cumplido por la jerarquía eclesiástica y muchos reclamaban retornar a la primitiva pureza apostólica. Finalmente la Reforma protestante dirigió este anhelo de cambio hacia la constitución de nuevas instituciones y una nueva vivencia de la fe, más allá de la ortodoxia. La Iglesia terminó perdiendo su poder y su condición de guía de los creyentes, tanto por la Reforma como por el fortalecimiento de las monarquías nacionales. En este escenario el descubrimiento de tierras y pueblos demandó un nuevo sentido para la historia y fortaleció la espera del fin de los tiempos.
Hubo razones precisas que llevan a tal resultado. Veremos enseguida aquellas fundamentales, si bien de modo sumario:
La Conquista se realizó rápidamente animada por la conciencia apocalíptica. Después se exaltó la superioridad de la Iglesia y de la sociedad americana. Se representó al mundo americano como el sueño milenarista de la coronación de la historia humana. La relación de viaje de sir Humprey Gilbert, de 1583, afirmaba que:
Nuestra fe nació en Oriente, y ha luego hecho su camino hasta alcanzar el Occidente; es probable que este sea su último límite a menos que no haya un nuevo inicio en Oriente y tenga origen un nuevo mundo. Pero las profecías de Cristo nos confirman que esto es imposible, sabemos que cuando la palabra de Dios haya sido predicada a toda la humanidad vendrá el fin del mundo.
Para la mentalidad milenarista, el mundo viajaba de Oriente a Occidente y cuando la palabra de Dios hubiera sido predicada a toda la humanidad, el mundo llegaría a su fin. La representación lineal del recorrido histórico, típico de la cultura cristiana, tenía un inicio y avanzaba hacia el final de los tiempos. El momento del fin de los tiempos, tradicionalmente envuelto en la oscuridad, pareció descifrable a partir del anuncio del Evangelio a los hombres de América planteó a los teólogos.
La idea [del milenarismo] se vincula con la concepción cristiana de la historia según la cual ésta debe llegar un día a su fin. (p. 27)
El descubrimiento puso en crisis las antiguas convicciones y condujo a una fase apostólica del cristianismo europeo. Las misiones a América buscaban completar aquello que los apóstoles no habían podido o recuperar la memoria de aquello que tal vez habían hecho pero se había olvidado. El milenarismo de los primeros misioneros franciscanos  enviados a México difundió el convencimiento de que el descubrimiento del Nuevo Mundo era el último acto de la historia antes de la Parusía. La aventura de los doce primeros misioneros franciscanos fue ideada como una empresa apostólica renacida. Así la describió en la carta enviada en 1523 por el general Fray Francisco de los Ángeles de Quiñones a los doce misioneros, planteaba la acción de los nuevos apóstoles como una manera de hacer frente al declinar del mundo. Las expectativas apocalípticas de Fray Martín de Valencia, el más conocido de estos misioneros, le llevaron a predicar el Evangelio a quienes sufrían necesidad en el final de los tiempos. En la historia de Fray Martín se confundían también los judíos y los indios, ya que la conversión de los judíos tanto como la misión en las tierras descubiertas se vieron como la señal del próximo fin de los tiempos, pero contrastaban la oposición de los judíos al bautismo ante la facilidad de la conquista espiritual del Nuevo Mundo.
El indio, que ya era el equivalente del pobre europeo, lo será en adelante también del judío. La extirpación tomará como paradigma -lo ha dicho Pierre Duviols- a la Inquisición. (p. 84)
Los misioneros franciscanos predicaron rápidamente el Evangelio para abreviar el tiempo del Apocalipsis. Se predicó muy simplemente a poblaciones más o menos forzados y se realizó bautismos en masa. Los primeros misioneros tuvieron la convicción de participar en el proyecto divino de salvación del mundo. Los misioneros jesuitas entendieron su labor como la aspiración por volver a la perfección de la edad apostólica.
La difusión del cristianismo dio nuevas fuerzas a la tradición joaquinita entre algunos agustinos en Venecia. El franciscano Francesco Zorzi, en el convento de la Vigna Nuova en Venecia, mantuvo una relación con Chiara Bugni, una visionaria iletrada, explicando y difundiendo su mensaje. La orden franciscana interpretó proféticamente el descubrimiento de América. La misión de los doce primeros misioneros franciscanos a México tuvo una gran resonancia utópica y milenarista en Europa. El canónico regular lateranense Serafino da Fermo anotó en su Breve declaración sobre el Apocalipsis de 1538 que el hecho del descubrimiento de América era uno de los signos de la próxima vendida del anticristo y del fin del mundo.
El sueño del fin de la discordia y de la pacificación religiosa fue elaborado en círculos dedicados a la adivinación del futuro, atentos a la prédica de personas dotadas de carismas espirituales. Angelica Paola Antonia Negri y Lucrecia de León exploraron el futuro a través de visiones y revelaciones. En Venecia entre 1539 y 1540, en el Hospital de San Giovanni e Paolo, se encontraron dos santas mujeres con poderes carismáticos, la Madre Zuana y la divina madre de los barnabitas, Paola Antonia Negri, alrededor de las cuales se formaron círculos de seguidores e intérpretes de sus mensajes. Ambas mujeres gozaron de fama de santidad. Angelica Paola Antonia Negri, antes de llegar a Venecia, había descubierto la oculta condición de hereje del predicador Bernardino Ochino en Verona. Luego se formó alrededor suyo un círculo de devotos cuyos pecados absolvían y que le revelaban sus pensamientos más secretos. Por su parte, el exégeta y orientalista francés Guillaume Postel, se dedicó a  comentar las revelaciones extraordinarias de la Madre Zuana. El núcleo de su mensaje era alcanzar el fin de los conflictos, y conseguir el retorno de la humanidad a una sola guía, un solo rebaño y un solo pastor. Venecia se hallaba cercana a los príncipes luteranos alemanes. Según Postel, el mundo se dirigía a la cuarta época de la historia, luego de la de la naturaleza, la de la ley y la de la gracia. Esta época alcanzaría la restitutio universal, cuando todo el mundo se transformaría en un pacífico rebaño de ovejas obedientes a un solo pastor. Las visiones de la Madre Zuana anunciaban la venida de un Pastor Angelico, mientras que el propio Postel se creía llamado a ser un nuevo Juan Bautista o nuevo Elías.
Postel distinguía entre la ecclesia specialis y la ecclesia generalis: a la primera pertenecían los elegidos por Dios para difundir la verdad y a la otra pertenecían todos los hombres comunes. El distinguió entre elegidos y réprobos. Los elegidos poseían toda la vida y toda la inteligencia para transmitirla a los otros miembros de la iglesia, mientras los miembros comunes solo podían recibir sin trasmitir la gracia divina. En la ecclesia generalis tenían sitio todas las distintas iglesias y religiones del mundo que disputaban entre sí. Los elegidos de la ecclesia specialis tenían una posición preeminente en la revelación divina.
En el contexto de los conflictos religiosos, la restitutio significaba lo mismo que la reformatio, el retorno a la pureza original de la doctrina y de la paz del cristianismo. El proyecto elaborado por Postel, milenarista y joaquinita, respondía al anhelo de los cristianos que, aún manteniéndose fieles a Roma, comprendían la fuerza del movimiento reformador y temían sus efectos. La acción del Papa Angélico, según el esquema joaquinita, debía lograr la presencia divina en la cima de la Iglesia romana. 
Los alumbrados o iluminados fueron un conjunto de sectas heterodoxas que florecieron en Castilla y Andalucía desde el final de la Reconquista. Hubo alumbrados en Toledo, Guadlajara, Llerena y Durango. El movimiento evolucionó a partir ciertas formas de espiritualidad franciscana, acogidas por los conversos, protagonizadas por monjas que caían en éxtasis místicos (como fue el caso de Francisca Hernández), y que eran toleradas por la jerarquía eclesiástica. La aparición de la Reforma cambió la actitud de la Inquisición, que procesó a los alumbrados por herejía. Ellos no tuvieron una unidad doctrinal, pero los distintos grupos de iluminados compartían el menosprecio por las formas externas del culto, a las que consideraban innecesarias, y la creencia en que por medio de la contemplación se podía alcanzar estados perfectos, caracterizados por una exacerbación extática. Negaban la necesidad de las prácticas exteriores y creían que los actos carnales y otros considerados pecaminosos eran adecuados para conseguir la pureza y que por ello eran lícitos. Se consideró alumbrados a místicos como Ignacio de Loyola, Juan de Ávila, Teresa de Jesús, Luis de Granada y Juan de la Cruz. Hacia 1620 la Inquisición logró su erradicación.
El caso de los herejes de Durango fue el mejor documentado sobre la supervivencia del rigorismo franciscano durante la baja Edad Media. Esta herejía fue desarrollada por franciscano Alonso de Mella.El y sus adeptos combatían la devoción a la Cruz y a los sacramentos, especialmente al matrimonio y la eucaristía; practicaban la comunión de bienes y de mujeres; proponían una relectura de la Biblia, que incluía la teoría joaquinista de las Tres Edades. Los herejes de Durango creían estar viviendo en la Edad del Espíritu y ponían énfasis en el valor de la libertad personal.herejía de caracterizó por la abundancia de mujeres entre sus devotas, al igual que el fraticellismo y el beguinismo heterodoxos. Ya un siglo antes, los begardos y beguinas alemanes habían afirmado la perfección radical de la naturaleza humana, libre de falta, dotada de libertad corporal, incluyendo la libertad sexual y espiritual, junto a la capacidad para desobedecer a las autoridades eclesiásticas. Estos herejes no creían en la autoridad del Papa ni en la necesidad de obras piadosas, propias de los imperfectos. También menospreciaban la Eucaristía. Los herejes de Durango intentaron crear un reino para llevar a la práctica su credo, de forma similar a otros movimientos socio-religiosos de la Baja Edad Media.
Entre 1523 y 1529, Pedro Ruiz de Alcaraz predicó una secta mística, los dejados, caracterizada por su quietismo, que reclutó una cantidad grande de conversos judíos. Los precedentes de estos alumbrados se encontrarían en Ibn Arabi y en los maestros espirituales andaluces. Este movimiento despertó las sospechas de las autoridades eclesiásticas porque desarrollaban sus actividades fuera de los ambientes religiosos establecidos, alejados de la comunidad y del culto público. La posición oficial de la Iglesia recomendaba huir de las cosas extraordinarias y evitar abrir las puertas a las ilusiones del demonio. En algunos casos, los alumbrados se dejaron dominar por los sentidos y se volvieron sensuales. Elaboraron doctrinas a partir del amor de Dios que llegaron a prácticas amorosas más humanas, incluso carnales. Sus prácticas sexuales iban desde repetir las orgías que pudieron unir a los begardos, rodeados de mujeres obedientes a sus deseos y mantener relaciones sensuales y equívocas entre directores de conciencia y sus devotas. Buscaban la fama de santos y congregaban fieles ansiosos de participar de su santidad. A través de la lectura de El banquete de Platón se había replanteado la relación entre la espiritualidad y la carnalidad del amor. Las obras platónicas fueron difundidas por Marsilio Ficino, quien realizó su primera traducción completa al latín entre 1463 y 1469. Influido por Platón, León Hebreo escribió entre 1501 y 1502 sus Diálogos de amor, donde planteó que el amor era el principio universal que dominaba a todos los seres, la idea de las ideas, originada en Dios y finalidad de toda forma de movimiento. A finales del siglo XVI, en 1592, fray Cristóbal de Fonseca publicó su Tratado del Amor de Dios, donde condenó como locura herética la concepción del amor como entrega mística. La Iglesia buscaba siempre administrar la piedad y consideraba que la mística sólo podía desarrollarse dentro del estado eclesiástico regular. Los tratados de mística, como los de San Juan de la Cruz, debían reservarse para un reducido número de monjes y monjas. San Juan de la Cruz desarrolló una universo espiritual de aniquilamiento y pasividad sensorial, cuyo simbolismo esotérico sólo podía ser comprendido por unos pocos iniciados.
Durante los siglos XVI y XVII España vivió un florecimiento místico. La espiritualidad de la Edad Media fue principalmente monástica, pero el crecimiento de la burguesía al final de ella, extendió la mística al mundo de los laicos. La mística monástica, sin embargo, conoció una edad de oro luego de las grandes conquistas ultramarinas. La mística española surgió de las influencias islámicas, judías y humanistas y formó un catolicismo tenebroso. Este misticismo despertó las sospechas de la Inquisición y se desarrolló en un ambiente de ortodoxia rígida y esoterismo efervescente.
La Contrarreforma buscó que el cristianismo que pasaba a América fuera distinto del que vivió la Edad Media. La España de la Edad Media vivió dentro de una gran senda mística, el camino de Santiago. Sin embargo, no se ha observado vestigios del culto jacobeo en América. Durante la Edad Moderna, el culto al Apóstol decayó y quedó eclipsado por el culto de Santa Teresa de Jesús. Teresa de Avila mantuvo un asombroso equilibrio entre la mística más alejada del mundo y la labor reformadora de la vida monástica. Su espiritualidad siguió las formas ya consagradas: práctica constante de la oración, meditación de los misterios y de la vida de Cristo.
La Iglesia condenó las tendencias místicas libres de reglas, que podían conducir a excesos de sensualidad y al cultivo de la vida interior sin apoyo en el mundo externo. A estos extremos llegaron los alumbrados de Llerena, cultivadores del erotismo, en 1570. Los alumbrados de Llerena rechazaban la oración a voz y preferían la contemplación, negaban el beneficio de las bulas y de los jubileos. Sus prácticas se relacionaban con el sexo.
En estos tiempos y algunos años antes hubo unos falsos alumbrados clérigos en el distrito de la Inquisición de Llerena, que querían que los tuviesen por santos; más no lo eran, sino lobos rapaces hambrientos de femenil carne humana. (Las formas complejas de la vida religiosa, p. 494)
Estas herejías alcanzaron al Perú. El dominico Francisco de la Cruz fue uno de los primeros herejes aparecidos en el país. Profetizó la destrucción de España y la realización del milenio en las Indias. Propuso la poligamia para los fieles, la entrega de encomiendas a perpetuidad para los criollos y el matrimonio del clero. Francisco de la Cruz tenía la esperanza de construir en América una cristiandad nueva, una sociedad humana sin defectos, nacida de la raíz apocalíptica de la profecía. Fue procesado por la Inquisición y condenado a la hoguera en 1578. El proceso contra Francisco de la Cruz resaltó la influencia que habrían ejercido las profecías del Apocalipsis aplicadas al Nuevo Mundo, identificando la aparición del Nuevo Mundo con el fin del mundo. Marcel Bataillon destacó las esperanzas utópicas ligadas al descubrimiento de América y la construcción de la nueva sociedad cristiana allende el océano en el caso de Francisco de la Cruz.
También algunos franciscanos creyeron en el recorrido providencial que realizó la fe a través del mundo: desde Oriente a Occidente, la palabra de Dios debía ser predicada a toda la humanidad, por lo que la historia del mundo según la concepción cristiana terminaría en el Nuevo Mundo. La representación lineal del recorrido histórico, típico de la cultura cristiana, estuvo presente en el franciscano Gonzalo Tenorio. El anotaba que Cristo al morir había vuelto la cabeza hacia Occidente, dando la espalda a Roma y a España. Esperaba una refundación de la ciudad de Dios en el Nuevo Mundo. El culto de Santa Rosa de Lima buscaba la realización de la tierra prometida en América.
Sin embargo, la pretendida unidad religiosa era un equívoco. Los esfuerzos de la Inquisición durante el reinado de Felipe II se debieron a la conciencia, por parte de las autoridades eclesiásticas, de que España era un terreno adecuado para la Reforma. Durante el siglo XVI aparecieron muchos reformadores, no solo en los países germánicos sino también en los latinos. Los excesos del Papa y de la curia romana fueron tan conocidos en Alemania como en España y provocaron el mismo rechazo. Así un cardador de Huete, Juan Capacho, afirmaba que las imágenes de los santos eran ídolos. Gabriel Sotomayor, de Aillón, declaró su incredulidad en la confesión. Las noticias de la Reforma llegaron a América. Gonzalo Fernández de Oviedo conoció Roma en su juventud y se escandalizó con los vicios de Alejandro VI. Ya anciano, escribiendo desde Santo Domingo, execraba de Lucero y de los protestantes en Las quinquagenas de la nobleza de España.
La prédica a pueblos fuera del cristianismo se inició con San Pablo, apóstol de los gentiles. Todos los pueblos debían ser conducidos al seno de la Iglesia; por ello, desde fines de la Edad Media se realizaron en España conversiones forzadas y colectivas de musulmanes y judíos. Estas conversiones despertaron tempranamente muchas sospechas y controversias y terminaron por atraer la atención de la Inquisición. Los cristianos nuevos, los bautizados de origen musulmán o judío que persistían en las creencias de sus padres se convertían en apóstatas, en hombres que desamparaban la fe. Estos hombres, los cristianos nuevos, fueron vistos como sospechosos, debido a la impureza e infección de su sangre. Muchos de ellos migraron al Nuevo Mundo en busca de un lugar en la sociedad. Migraron a América los judíos expulsados de la península. Desde 1518 se intentó limitar el pasaje de extranjeros a América, aunque estas medidas no fueron muy eficaces. Hasta la consolidación del virreinato por Toledo habitaron el Perú entre 4000 y 6000 europeos, un décimo de los cuales no eran españoles. Los más numerosos eran los portugueses, italianos y griegos. Entre los portugueses se encontraban un número de judíos conversos. No debiera extrañar la presencia de italianos o griegos si se recuerda la tradición mediterránea catalana, la vocación mediterránea del conde de Barcelona. Los catalanes, los almogáraves, pelearon como mercenarios al servicio de Federico II de Sicilia, hijo de Pedro III de Aragón. Ellos mantuvieron a Sicilia bajo control catalán como un reino independiente hasta el ascenso al trono siciliano del rey aragonés Martín I. Durante el reinado de Federico II tuvieron lugar las expediciones almogáraves a oriente, que terminaron con la conquista de los ducados de Atenas y Neopatria. Barcelona se debilitó con los brotes de peste en el siglo XIV, más aún cuando Nápoles se convirtió en la capital de la corona catalano-aragonesa en 1442. El advenimiento de la monarquía de los Austria, el ascenso del poder turco en Oriente y el descubrimiento de América aceleraron más su ocaso. Los catalanes pelearon contra los turcos liderados por Roger de Flor, al servicio del emperador de Bizancio. La corona aragonesa creo un extenso reino mediterráneo, que incluían los territorios originales del reino de Aragón y el condado de Barcelona, a los que se fueron sumando territorios ganados a los musulmanes de al-Andalus, como Valencia y Mallorca, posesiones italianas como Sicilia y Cerdeña e incluso posesiones ubicadas en el Mediterráneo oriental, como los ducados de Atenas y Neopatria. Cataluña vivía mirando al Mediterráneo, al sur al mundo musulmán y al norte a Occitania. Tampoco se ha investigado que tan heréticos podían ser estos hombres mediterráneos que vinieron a América.
No todos los pasajeros de Indias fueron cristianos o lo que entendía como españoles. Algunos personajes de origen musulmán alcanzaron posiciones importantes, aunque debieron ocultar para ello su origen. El capitán Gregorio Zapata hizo fortuna en Potosí y regresó a su país, donde asumió su verdadera identidad: era un turco, Emir Cigala. También fueron moros Cristóbal de Burgos, regidor de Lima y rico encomendero; Francisco de Talavera, concejal limeño y amigo de Francisco Pizarro; Lorenzo Farfán de los Godos, primer alcalde de San Miguel de Piura, y Nicolás de Ribera el Viejo, primer alcalde de Lima. Ellos ocultaron su identidad debido a que la presencia de musulmanes en las Indias era ilegal. La Santa Inquisición castigaba del mismo modo la apostasía, fuera esta judía o musulmana, y todos los conversos eran tenidos por sospechosos. Los musulmanes debían tomar un nombre español y pretender pasar por cristianos. Pese a ello, siempre se sospechaba de aquellos cuyo aspecto físico resultara morisco. El mismo Diego de Almagro fue tachado de moro, ya que corría el rumor que su madre era morisca. Juan José Vega narró que Hernando Pizarro, tras ejecutar a Diego de Almagro, ordenó que se desnudara su cadáver para comprobar si había sido circuncidado.
Era una idea difundida que las ideas religiosas se mamaban en la leche materna, por lo que no podía tener seguridad de la fe de los hijos de padres indios, judíos o moros. El jesuita Pablo José de Arriaga puso énfasis en el significado de la leche mamada y de la herencia en la Extirpación de la idolatría del Piru de 1621
Ni se maravillará que mal tan antiguo y tan arraigado y connaturalizado con los indios no se haya del todo desarraigado, quien hubiere leído las historias eclesiásticas del principio y discurso de la Iglesia y entendiere lo que ha pasado en nuestra España, donde aún siendo advenedizos los judíos, pues entraron en ella de más de mil quinientos años, en tiempo del emperador Claudio, apenas se ha podido extirpar tan mala semilla en tierra tan limpia y donde está tan cultivada y pura y continua la sementera del Evangelio, y tan vigilante sobre ella el cuidado y solicitud del Santo Oficio. Y donde más se echa de ver la dificultad que hay en que errores en la fe, mamados con la leche y heredados de padres a hijos se olviden y desengañen, es en el ejemplo que tenemos de nuevo delante de los ojos en la expulsión de los moriscos de España. (Las formas complejas de la vida religiosa, p. 508)
Otra característica que determinaba la mala fe de los recientemente bautizados era la noción del fermento, sacada de las epístolas de San Pablo. Una pequeña mancha corrompía a todo el organismo: un hereje, un apóstata o un idólatra comprometía a todo un pueblo, al igual que un indio, un judío o un moro manchaban a toda la estirpe. Esta era la razón de los estatutos de limpieza de sangre de Toledo y el argumento de sus defensores, Diego de Simancas y Juan de Escobar de Corro. La limpieza de la sangre se heredaba por los cuatro costados. La impureza de la sangre inhabilitaba para el ejercicio de cargos públicos y un cuarto de mala raza obligaba a pagar una culpa hereditariamente. Por este motivo los neófitos no podían ser admitidos en las órdenes sagradas. Para la Corona, la sangre primaba sobre cualquier otro criterio espiritual.

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