El milenarismo surgió de los anhelos de salvación del cristianismo del final de la Edad Media, basados en las convicciones apocalípticas, reforzadas por las guerras, la peste y las transformaciones sociales. Muchos sintieron la llegada de un nuevo tiempo y se lanzaron a los caminos a anunciar la buena nueva del fin de todos los sufrimientos. Creían en la llegada de un tiempo feliz y por eso se entregaron a una alegría sin frenos, convencidos de haber sido elegidos para proclamar la gloriosa venida de Jesucristo. Se convirtieron en místicos y en profetas, en peregrinos y en ermitaños. Recorrían el mundo proclamando la salvación de los justos y el castigo de los pecadores
Algunos se sintieron llamados a ser los profetas de una nueva era. Querían anunciar el final de esta vida de sufrimiento y el advenimiento de un mundo feliz. Proclamaron la venida del Salvador y creyeron poder hablar con Cristo, con la Virgen María y con Dios mismo. Su anhelo místico de un mundo perfecto se encontró con los reclamos de los oprimidos, con la lucha contra los príncipes y los nobles.
Joaquín de Fiore convirtió este anhelo de salvación en un sistema teológico. La historia de la humanidad había atravesado tres etapas y se dirigía a su culminación. Fiore mismo no fue un agitador social, sino un místico que esperaba la realización de lo inevitable.
El milenarismo se estructuró alrededor del final de la historia. Entendió la historia como un desarrollo teológico. La visión escatológica de Fiore influyó en el pensamiento de las órdenes mendicantes, especialmente en la orden franciscana.
San Francisco de Asís fue el símbolo de la renovación religiosa del otoño de la Edad Media. Estableció un nuevo modelo de santidad, basado en la renuncia a los bienes materiales y en la consagración de la propia vida a Dios. Francisco organizó una comunidad con once seguidores, a imagen de Cristo y los apóstoles. Peregrinaron a Roma para solicitar al Papa la aprobación de su regla de vida, la que fue otorgada por el papa Inocencio III en 1209. En 1223, el papa Honorio III emitió una bula por la que estableció a los Frailes Menores como una orden formal católica. La Orden franciscana estuvo formada inicialmente por hermanos legos, pero un siglo después de la muerte de su fundador se convirtió en una Orden docta y clerical, con miles de miembros que servían a la Iglesia en actividades pastorales, misioneras, diplomáticas, ecuménicas y universitarias. Los franciscanos conventuales constituyeron el tronco original de la Orden, del que brotaron las distintas ramas reformadas. En 1250, el papa Inocencio IV buscó tutelar la labor pastoral de los Hermanos Menores, declarando conventuales sus iglesias, es decir, dándoles la misma prerrogativa que las colegiatas. Los frailes, sin embargo, no recibieron tal denominación hasta la segunda mitad del siglo XIV, para distinguirlos de aquellos que se retiraban a ermitas, en busca de una observancia más fiel de la Regla. En 1517 León X dividió la orden en dos grupos: conventuales, autorizados a poseer bienes comunales, y observantes, quienes seguían los preceptos de Francisco lo más literalmente posible, que se convirtieron en la rama principal de la Orden. En España, los frailes Conventuales o Claustrales fueron suprimidos, a instancias de los Observantes, por los Reyes Católicos a principios del siglo XVI, y por Felipe II en 1568. A comienzos del siglo XVI se formó una tercera comunidad franciscana, los capuchinos.
La orden franciscana había producido en el siglo XIII grupos milenaristas, Algunos de estos franciscanos llegaron a identificar a su fundador con el Mesias, quien había cumplido la profecía de la segunda venida. Estos franciscanos milenaristas fueron conocidos como fraticelli. Terminaron por separarse de la Orden durante los siglos XIV. Mantenían opiniones extremas respecto a la pobreza. Uno de los grupos disidentes, los franciscanos celestinos, celantes o espirituales, practicaban un ascetismo riguroso. Fueron partidarios de una pobreza radical, sin interpretaciones pontificias, hasta el extremo de acusar a la Orden de relajación en el Concilio de Vienne (1311-1312) y de negar al Papa el derecho a interpretar la Regla. Fue por ese motivo que el grupo fue acusado de herejía y la orden fue suprimida por el Juan XXII en 1317. Como respuesta, los espirituales declararon que eran la única católica verdadera, dando a entender que el resto de la Iglesia era hereje y que las bulas papales no tenían valor. Los espirituales fueron suprimidos, aunque los fraticelli continuaron sus actividades durante todo el siglo XIV, a pesar de las medidas dictadas contra de ellos. En el siglo XV el movimiento desapareció. Sin embargo, en el siglo XVI, el milenarismo habría pasado a América con los misioneros franciscanos.
El anhelo ecuménico y evangelizador de la nueva Orden se fundaba en el mandamiento bíblico de dar testimonio de la Palabra a todos los pueblos de la tierra. Los paganos debían conocer la Palabra y así cumplir con las condiciones del establecimiento del Reino milenario en la tierra.
Joaquín de Fiore había dividido la historia en tres etapas, para revelar a la humanidad la naturaleza trinitaria divina.
Así dice el apóstol:
De manera que todas las generaciones desde Abraham hasta David son catorce generaciones; y de David hasta la expatriación a Babilonia son catorce generaciones; y desde la expatriación a Babilonia hasta Cristo son catorce generaciones (Mateo 1: 17)
Habían pasado 42 generaciones desde Adán hasta Abraham. Debían pasar otras 42 generaciones para la Segunda Venida del Mesías. Calculando cada generación en unos 30 años, la fecha coincidía con la fecha de la Segunda Venida concordaba con el nacimiento de Franscisco.
La Segunda Venida conduciría a su culminación la historia del mundo, pero era necesario que la Iglesia cumpliera con su misión de llevar el Evangelio a todos los rincones de la tierra. Francisco y sus seguidores serían los encargados de alcanzar el fin de la historia, desarrollando el esquema apocalíptico joaquinita.
Durante el siglo XV el espiritualismo reapareció entre los franciscanos. Se distinguieron aquellos partidarios de una observancia estricta de la regla, a quienes se comenzó a llamar observantes a partir del concilio de Vienne