Flores Galindo exageró al afirmar que la cuna marcaba todo el derrotero de la vida en la España del siglo XVI. Fue injusto al creer que todos los conquistadores eran marginales. Sí acertaba, pensando igual que esos aventureros quinientistas, que en las Indias, los actos, la práctica podían permitirles conseguir aquello que sus padres no les habían legado.
Antes del establecimiento del virreinato llegaron a Perú unos 5000 a 10000 españoles, de los cuales casi 500 consiguieron una encomienda. La colonización de América siguió el modelo de la Reconquista: los conquistadores victoriosos se establecían en las ciudades recien fundadas y esperaban recibir una encomienda para convertirse en una nobleza con base territorial, como eran la nobleza en España. Por ello rechazaron la autoridad de los funcionarios reales en cuanto esta quiso frenar sus ansías de honra. Este rechazo fue el fundamento de la rebelión de Gonzalo Pizarro, quien con su deseo de convertirse en un rey del Perú se volvió abiertamente subversivo, considerando que la realeza era una condición otorgada por gracia divina, no por sus ascendientes sino por sus méritos.
El sistema colonial español trasladó tanto instituciones como poblaciones. Los migrantes españoles se establecieron no sólo en las ciudades de las costas, sino en el interior de los antiguos imperios americanos, en los centros mineros, en las ciudades mercantiles de provincias y en explotaciones agrícolas. Muchos de ellos no consiguieron una situación estable en los Andes y terminaron conviviendo con los indígenas. Guaman Poma menciona a españoles bribones y vagabundos, que vivían extorsionando a los indios. Tal vez dos a cuatro mil de los españoles cayeron en esta condición marginal, empujados a vivir junto y como los indios que querían dominar.
Los españoles que migraron a América buscaban una oportunidad en el Nuevo Mundo, no solamente como hidalgos. Llegaron también gentes llanas, que venían simplemente a “hacer la América”. Algunos terminaron viviendo en los pueblos indígenas, como pequeños propietarios o pequeños comerciantes, a quienes los indios apodaron pucacuncas (cuellos rojos).
Al mismo tiempo que la colonización de América, la sociedad peninsular fue forzada a homogenizarse mediante los estatutos de limpieza de sangre y la acción de la Inquisición, fundada por los Reyes Católicos en 1478. La Inquisición española persiguió a los marranos, judíos que por coerción o presión social se habían convertido al cristianismo; a los conversos del mismo tipo del Islam, y a los sospechosos de herejía. Pocos años después de su fundación, el Papa dejó de supervisarla, de manera que la Corona española se hizo cargo de ella y la convirtió en un instrumento del Estado, aunque los inquisidores continuaron siendo dominicos. El modelo de evangelización de los Andes fue el de la Contrarreforma, vigilado por la Inquisición. La evangelización tuvo como meta erradicar las costumbres andinas, reemplazar el modo de vida andino y pagano por el cristiano y español:
… a comienzos del siglo XVII, se imponían prácticas absolutistas y excluyentes, que buscaban integrar a los países eliminando y suprimiendo lo extraño y diferente. (p. 84)
Hasta la locura quedó sometida a las nuevas leyes absolutistas. Gregorio Tenorio, quien pudo tener más de demente que de hereje, fue juzgado por la Inquisición. Sin embargo, a pesar de sus esfuerzos, el milenarismo medieval europeo pasó a América, principalmente con los franciscanos, quienes ya habían mostrado tendencias heréticas. El milenarismo como ideología impregnó todos los proyectos sociales y políticos en los Andes.
El milenarismo introdujo variantes de contenido herético: la salvación era un hecho terrenal, ocurría aquí mismo y hasta tenía un año preciso. (p. 28)
Pese a las restricciones, también migraron a América muchos judíos expulsados de la península. Desde 1518 se había intentado limitar el pasaje de extranjeros a América, aunque estas medidas no fueron muy eficaces. Cuando Toledo consolidó el virreinato, habitaban en Perú entre 4000 y 6000 europeos, un décimo de los cuales no eran españoles. Los extranjeros más numerosos eran los portugueses, seguidos por gentes del Mediterráneo, sobretodo italianos y griegos. Sin embargo, entre los portugueses se podía contar un número significativo de judíos conversos. La Inquisición siempre sospecho de estos extranjeros, como protestantes, herejes o judaizantes. El descubrimiento del Nuevo Mundo y las reformas religiosas europeas ocurrieron al mismo tiempo. Hacia 1536, quince anos después de la Conquista de México aparecieron indicios de presencia protestante en América. Hubo protestantes en la Nueva España pero no protestantismo, debido al control de las ideas ejercido por Corona española. España intentó por todos los medios que las ideas y prácticas luteranas, calvinistas y anabaptistas no pasaran a América y por eso estableció la Inquisición. El tribunal del Santo Oficio fue instaurado en Lima en 1568, en México hacia 1571 y en Cartagena de Indias en 1610. En 1537 el Papa Pablo III prohibió la entrada de los apóstatas a las Indias. Después del Concilio de Trento (1545-1563) se consolidó la Contrarreforma y se intensificó el aislamiento preventivo de las posesiones españolas, buscando mantener al Nuevo Mundo libre de la contaminación luterana.