Guaman Poma dividió su obra en dos partes. En la primera explica el orden andino anterior a la llegads de los conquistadores. En la segunda parte expone las catastróficas consecuencias de la Conquista y propone un plan político de reforma para la Colonia. Asi denuncia los males y dispone las soluciones. Nuestro autor se sintió capacitado para identificar los problemas y definir los remedios en un memorial dirigido al rey. Guaman Poma se suma al conjunto de reformadores de su época, que presenciaron la crisis de la Monarquía y trataron de salvar el reino.
Algunos han afirmado que la asimilación de la cultura occidental por Guaman Poma fue parcial, pero sorprendente ya que sigue una de las corrientes contemporáneas de reflexión: el arbitrismo.
Nuestro autor demuestra como la colonización española alteró la estructura social y económica andina, acabando con las reglas de reciprocidad y redistribución que habían permitido el funcionamiento del Estado inca. En teoría la Conquista debía remplazar al Inca cusqueño por el rey español, preservando los vínculos de reciprocidad y redistribución entre las comunidades y el gobernante. Sin embargo las rebeliones de los encomenderos y la conducta de los funcionarios civiles y eclesiásticos mino este sistema de relaciones. Las comunidades no recibieron nada a cambio de los servicios que daban a la Corona. Las acciones de los encomenderos no iban mas allá de sus intereses personales. Los encomenderos no se cuidaban de la salud de los indios encomendados ni de la del rey. Solamente veian por su provecho y explotaban el trabajo de los indios. Los argumentos de Guaman Poma, sus denuncias, son comparables a los de González de Cellorigo o Fernández Navarrete.
Guaman Poma resume su análisis de la sociedad colonial en el «capítulo de la pregunta», donde desarrolla un dialogo con el monarca.
El primer y más grave problema es el colapso demográfico. El crecimiento de la población refleja la prosperidad del reino. La disminución de la población es el principal indicador de la crisis. Para los pensadores de la edad moderna era evidente la relación entre población riqueza y apogeo. Ya Domingo de Santo Tomás había afirmado que nada valía la tierra sin brazos que la trabajen. Nuestro cronista es muy consciente que la población es la base de la riqueza del país. Los corregidores encomenderos, doctrineros y colonizadores hacían todo lo necesario para convertir el reino en un desierto. No solo porque se apropiaban de las tierras de los indios sino que también de sus mujeres. Guaman Poma reprobaba el mestizaje ya que desestructuraba la sociedad andina y reducía el número de indios, reemplazandolos con mestizos. Las causas de la crisis demográfica son múltiples: desorganización social, económica y étnica; excesiva presion tributaria, trabajo forzado y abuso generalizado por parte de los colonizadores. El mestizaje termina con el sistema de parentesco andino y genera una población marginal, que no participa de la vida comunal y no contribuye al desarrollo del país. Ni trabajan en la comunidad ni tributan a la Corona. Los mestizos son resultado de la lujuria de los colonizadores y de la promiscuidad de las indias. Pero la condena de Guaman Poma no es solamen moral. El mestizaje es una demostración mas de la violencia contra la población andina y del abuso de los funcionarios y de los colonizadores. El respeto de la fe y de la ley deben garantizar el desarrollo de los indios. La separación de Repúblicas se presenta como una medida de salud pública.
Las exigencias excesivas de los corregidores, los encomenderos y los doctrineros conducen las desorden social. Los indios abandonan sus comunidades para huir de las cargas tributarias. Este problema descrito por Guaman Poma también agobia a la península. Eran los campesinos castellanos quienes soportaban la presión fiscal de la Corona.
Los argumentos de Guaman Poma son similares a los de Martín González de Cellorigo. Los males del reino se deben a la ruina de las comunidades, al abandono de los campos y el progresivo despoblamiento del país. Los indios dejan los cultivos por culpa de los funcionarios y los colonizadores. Los funcionarios los oprimen con tributos y con mitas. Los colonizadores les arrebatan sus tierras y los obligan a cumplir innumerables servicios personales. La mita exige uno o dos años de servicio. Para cumplir con ella el indio debe abandonar su casa y su familia. Debido a su ausencia sus campos se arruinan y sus animales se pierden. La pobreza le impide pagar los tributos y arrastra una deuda. Por no poder pagar la deuda huye del pueblo, abandonando a su mujer y sus hijos. Los hijos dejan el campo por no repetir el camino del padre. Su mujer y sus hijas terminan a merced de los españoles y paren mestizos. Los mestizos ni tributan ni brindan servicios al rey. De esa forma las cargas fiscales pesan mas sobre la población cada vez menor de indios. El reino termina despoblado y arruinado.
Los cronistas estuvieron de acuerdo en que la mita jugo un papel principal en el despoblamiento, especialmente cuando era exigida de manera abusiva. Los indios abandonaban los pueblos para no tener que ir a las minas. De aquellos que iban muchos no volvian por haber muerto o para ya no quedar sometidos a la próxima mita.
El cronista tiene muy claro que la reorganización de la economía andina y la pesada carga fiscal son la raíz de la ruina de las comunidades andinas. Concordaba con González de Cellorigo en que la ruina de los campesinos y el enriquecimiento fácil de los conquistadores habían malogrado el reino.